نهاد نمايندگي مقام معظم رهبري در دانشگاه‌ها حسب عنايت و دستور حضرت آيت‌الله خامنه‌اي (مدظله‌ العالي) با هدفي متعالي و در راستاي ايجاد دانشگاه مومن و متعبد به هدايت الهي و در راستاي تبيين ارزش‌هاي اسلامي و تعميق آگاهي‌هاي ديني و اعتقادي دانشجويان و دانشگاهيان و بر اساس مصوبه نهايي اسفندماه سال ۱۳۷۲ شوراي‌عالي انقلاب فرهنگي مبني بر ايجاد سازماني جديد براي تحقق منويات معظم‌ له، بر اساس اهداف و وظايف معين تشكيل گرديد كه در كليه دانشگاه‌ها و مراكز آموزش‌عالي به انجام وظايف مصرح در اساسنامه مي‌پردازد.